Traditionally, conservation management focuses efforts on taxonomic units. However, when the taxa used do not reflect biologically meaningful units, such methods should be reconsidered to avoid the loss of irreplaceable biodiversity. The Galápagos Marine Iguanas (Amblyrhynchus cristatus) is listed as Vulnerable on the IUCN Red List of Threatened Species and is facing growing anthropogenic threats. Currently, management is based on a taxonomy which is questionable in the light of recent molecular data. As such, there is a danger that evolutionarily significant populations may be left vulnerable to extirpation. Herein we apply molecular data to elucidate the population structure of this species across the Galápagos archipelago, and thus advise conservation management in the absence of a revised taxonomy. Applying a wealth of molecular data accumulated since the 1990s, including 12 highly variable microsatellite loci and 1181 bp of the mitochondrial control region in over 1,200 individuals, we delineate distinct populations and prioritize their management. Bayesian population structure analysis revealed 10 distinct population clusters, spanning 11 islands, which we propose as management units (MUs). All MUs are significantly differentiated, with one unit on San Cristóbal Island being particularly distinct in terms of both microsatellite loci and mitochondrial data. Based on estimates of the genetic effective population size (N), we find the MUs comprised of populations occurring on Floreana, Española, Marchena, and San Cristóbal to be alarmingly small. In consideration of both N and anthropogenic threats, we recommend that conservation practitioners focus efforts on Floreana and San Cristóbal islands, and argue that better census size estimates of populations are urgently needed.

Tradicionalmente, la gestión de la conservación ha centrado sus esfuerzos en unidades taxonómicas. Sin embargo, cuando los taxones utilizados reflejan unidades que no son biológicamente significativas, tales métodos deben ser reconsiderados para evitar la pérdida irremplazable de la biodiversidad. La Iguana Marina de Galápagos (Amblyrhynchus cristatus) está catalogada como Vulnerable en la Lista Roja de Especies Amenazadas de la UICN y se enfrenta a crecientes amenazas antropogénicas. Actualmente, el manejo de esta especie se basa en una taxonomía que es cuestionable a la luz de datos moleculares recientes. Como tal, existe el peligro de que aquellas poblaciones evolutivamente significativas puedan quedar vulnerables a la extinción. Bajo este contexto, aplicamos los datos moleculares para dilucidar la estructura de la población de esta especie en el archipiélago de Galápagos, y así asesorar una correcta gestión de la conservación en ausencia de una taxonomía revisada. La aplicación de una gran cantidad de datos moleculares acumuladas desde la década de 1990, incluyendo 12 loci microsatélites altamente variables y 1181 pb de la región control mitocondrial en más de 1.200 individuos, nos muestran poblaciones distintas que son prioritarias para su gestión. El análisis Bayesiano de la estructura de la poblacional reveló 10 grupos distintos de población, extendidos por 11 islas, que proponemos como unidades de gestión (MUs). Todas las Mus se diferencian significativamente, con una unidad en la isla de San Cristóbal que es particularmente distinta en términos de ambos loci microsatélites y datos mitocondriales. Sobre la base de las estimaciones del tamaño genético efectivo de la población (Ne), nos encontramos con la MUs compuesta por poblaciones que se encuentren en Floreana, Española, Marchena, y San Cristóbal para ser alarmantemente pequeñas. Considerando tanto la Nemy las amenazas antropogénicas, recomendamos que profesionales de la conservación centren sus esfuerzos en las islas de Floreana y San Cristóbal, y se demuestra en este estudio la necesidad de establecer mejores estimaciones del tamaño del censo en las poblaciones de iguana marinas con urgencia.

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